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En utilisant un pipeline robotisé et l'apprentissage automatique sur un modèle de levure, cette étude cartographie le remodelage spatiotemporel du protéome au cours du vieillissement et révèle que des déterminants biophysiques structurels sous-tendent la dégradation spatiale des protéines.
En établissant un atlas spatial de protéines à l'échelle cellulaire chez la levure, cette étude révèle que les hallmarks du vieillissement résultent d'une perte de confinement spatial et d'interconnexions moléculaires hiérarchiques, dont 91,6 % sont conservées chez l'humain.
Cette étude démontre que la supplémentation en vitamine D atténue les effets inflammatoires et pro-coagulants du vapotage chez les rats femelles, tout en réduisant les niveaux de nicotine et de cotinine.
Cette étude rétrospective menée à Vanderbilt démontre que l'âge avancé des receveurs de greffe cardiaque est associé à une diminution du rejet allogreffe et à des changements transcriptomiques spécifiques liés à l'immunosénescence, soutenant ainsi une approche plus personnalisée de l'immunosuppression pour cette population vieillissante.
Le framework CELLSWARM remplace les règles codées à la main par des agents cellulaires autonomes pilotés par des grands modèles de langage, permettant non seulement de reproduire avec fidélité la dynamique du microenvironnement tumoral, mais aussi de prédire les réponses aux traitements et de détecter des perturbations génétiques indirectes que les modèles traditionnels ne peuvent pas capturer.
Cette étude révèle que l'activation du facteur de transcription NF-κB par des signaux inflammatoires amplifie l'accumulation nucléaire de p53 via une régulation transcriptionnelle, modifiant sa dynamique d'oscillation vers un état soutenu et compromettant ainsi la réparation de l'ADN de manière contre-intuitive.
Cette étude présente le « Web of Microbes Agent », un outil autonome combinant un modèle de classement bayésien personnalisé, un modèle de croissance et un grand modèle de langage pour prédire avec précision les préférences de substrats des microbes, optimiser leur culture et générer de nouvelles hypothèses expérimentales.
En intégrant des données transcriptomiques et lipidomiques, cette étude révèle que le remodelage des phosphatidylinositols, régulé par des réseaux génétiques spécifiques, est essentiel à la différenciation des colonocytes et que la perte de ce mécanisme au profit d'un métabolisme accru des phosphoinositides contribue à la malignisation du cancer colorectal.
Cette étude démontre comment les contraintes physiques du flux de sève dans les vaisseaux xylémiens façonnent des programmes de régulation opposés chez deux pathogènes bactériens, Xanthomonas et Ralstonia, leur permettant d'optimiser leurs stratégies de multiplication et de dissémination malgré les coûts énergétiques et les compromis inhérents à la colonisation du même habitat.
En analysant des données de survie longitudinales chez la drosophile et la souris, cette étude valide un modèle d'âge en deux phases révélant que la transition vers l'état « Smurf » (perméabilité intestinale accrue) s'accompagne d'une mortalité immédiate très élevée et d'une dépendance statistique significative entre la durée de vie pré-transition et la survie post-transition.
En utilisant des approches multi-omiques sur des biopsies rénales humaines, cette étude révèle que l'activation du complément, en particulier via le facteur D, déclenche des altérations de signalisation dans les podocytes et les cellules épithéliales pariétales qui propagent l'inflammation et la fibrose, offrant ainsi de nouvelles perspectives pour des interventions spécifiques au stade de la glomérulosclérose focale et segmentaire.
Les auteurs présentent une méthode photolithographique polyvalente utilisant des réactifs commerciaux pour créer des motifs biomoléculaires précis sur des surfaces de dispositifs microfluidiques scellés, permettant ainsi la localisation d'arrays de détection, la catalyse enzymatique et l'expression génique sur des matériaux variés comme le verre et le PDMS.
En utilisant la technique par-seqFISH pour analyser l'activité transcriptionnelle de phages lambda individuels infectant *E. coli*, cette étude révèle que la décision cellulaire entre lyse et lysogénie émerge d'une activité virale hétérogène au niveau des phages, où la lysogénie nécessite un consensus d'activité entre tous les phages co-infectants, contrairement à la lyse qui peut tolérer une activité lysogénique résiduelle.
Cette étude démontre que la microgravité accélère le vieillissement et altère le système nerveux chez *C. elegans* en supprimant la stimulation tactile, mais que l'ajout de particules physiques dans le milieu de culture permet de restaurer l'intégrité neuromusculaire et de contrer ces effets délétères.
Cet article présente un algorithme de suivi cellulaire amélioré basé sur des systèmes multi-agents ouverts et un filtre de Kalman étendu, permettant de modéliser et de suivre avec précision la dynamique, les interactions et les lignées de populations cellulaires hétérogènes, telles que les cellules ostéosarcomateuses et les cellules stromales mésenchymateuses, dans des modèles de co-culture complexes.
Cette étude longitudinale sur dix ans démontre que les horloges protéomiques spécifiques aux organes sont des indicateurs dynamiques et interprétables du vieillissement, révélant une stabilité modérée, des trajectoires parallèles entre les systèmes (avec l'immunité et l'adiposité comme hubs centraux), et une forte influence de la ménopause chez les femmes ainsi que des effets ciblés des médicaments sur ces horloges.
En combinant la transcriptomique spatiale et monocellulaire, cette étude révèle que la maladie cœliaque provoque une réorganisation de l'identité des entérocytes due au rapprochement des cellules mésenchymateuses productrices de BMP et WNT, entraînant une co-expression aberrante de programmes zonals et l'apparition de cellules métaplasiques de type cellulaire gastrique.
Cet article démontre que l'évolution sur des paysages de fitness dégénérés n'est pas neutre, car l'interaction entre la variabilité stochastique et la courbure du paysage induit une dérive directionnelle favorisant spontanément les régions plates et robustes.
Cette étude utilise une analyse systémique intégrative à cinq niveaux pour démontrer que la différenciation de Leishmania est régie par des mécanismes post-transcriptionnels, notamment la dégradation des protéines et l'adaptation de l'appareil de traduction, plutôt que par des adaptations génomiques.
En modélisant la commutation du galactose chez la levure avec une résolution spatiale intégrant l'architecture cellulaire réelle, cette étude démontre que l'hétérogénéité intracellulaire, notamment la traduction associée au réticulum endoplasmique, modifie qualitativement les prédictions de régulation génique par rapport aux modèles classiques supposant un milieu homogène.